Антитела к микросомальной фракции тироцитов (АТ-МАГ) вырабатываются к белковым структурам, находящихся внутри эпителиальных клеток щитовидной железы: тиреоидной пероксидазе и тиреоглобулину. Данный вид аутоантител образует иммунные комплексы на поверхности клеток, с дальнейшей активацией комплемента и цитотоксических лимфоцитов, что приводит к повреждению клеток щитовидной железы и развитию воспалительного процесса. АТ - МАГ появляются у больных тиреоидитом Хашимото, диффузным токсическим зобом, при ряде других аутоиммунных заболеваниях (коллагенозах), после хирургического лечения щитовидной железы, тиреотоксикозе. Содержание данных антител коррелирует с тяжестью заболевания, и может быть использовано для оценки состояния щитовидной железы при лечении. Определение АТ-МАГ имеет важное значение при выявлении лиц с высоким риском развития аутоиммунного тиреоидита.